pythonのDEG（発現変動遺伝子）解析ツールの確認
はじめに
遺伝子発現量解析を含めた、バイオ解析ではRがメジャーな解析ツールとなる。 ただ、いろいろつぶしが効くPythonに解析ツールを寄せたい。
調べ方
- ざっくり
Python DEGあたりでツールがヒットするか調べるScanpyやPyDESeq2などのツールがヒットするScanpy vsなどのワードで検索- githubのスター数やactivityを確認して人気度を確認する
- https://www.libhunt.com/ あたりでの確認すればよい
ざっと見た
結果的にはあらかじめ名前を知っていた2つが変わらず候補になった
ScanpyPyDESeq2
これを見るとScanpyの方がよさそう
おわりに
腹を据えてRやった方がいいんか...?
